【カラーエクスプレス】にオリジナルのカラーパレットを作成しているのですが、そのカラーパレットも【i-COLORexpress】で使用できますか？

はい。
「i-COLOR変換」ではプランと同時にお使いのカラーパレットも変換しますので、【カラーエクスプレス】から【i-COLORexpress】にデータをインポートする際には、必要に応じてカラーパレットもインポートして、iPad上で【カラーエクスプレス】と同じカラーパレットをお使いいただくことができます。